La Ley N° 346, Ley Orgánica del Ministerio Público, publicada en La Gaceta, Diario Oficial N° 196 del 17 de octubre del año 2000, creó al MIPUB como una institución independiente con autonomía orgánica, funcional y administrativa, que tiene a su cargo la función acusadora y la representación de los intereses de la sociedad y de la víctima del delito en el proceso penal, a través del Fiscal General de la República. Se subordina únicamente a la Constitución Política de la República y a la Leyes.

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